Chùa được khởi công xây dựng vào năm 1949, hoàn thành năm 1950. Năm 1990 thượng tọa Thích Tâm Vị cho trùng tu lại chùa và xây dựng thêm nhiều công trình mới.

Chùa Linh Phước trải qua 5 đời trụ trì:

• Hòa thượng Thích Minh Thể (1951–1954)
• Hòa thượng Thích An Hòa (1954–1956)
• Hòa thượng Thích Quảng Phát (1956–1959)
• Hòa thượng Thích Minh Đức (1959–1985)
• Thượng tọa Thích Tâm Vị (từ 1985 đến nay)